Slezská diakonie provozuje 45 středisek, která se nacházejí po celém Moravskoslezském kraji, od Českého Těšína, Třince a Jablunkova až po Krnov a Bruntál, a rovněž v Brně.

Střediska jsou zaměřena na různorodé spektrum sociální problematiky, od práce s lidmi s postižením, s lidmi nacházejícími se ve složitých životních situacích a potřebujících poradenské služby, po seniory či lidi bez domova.

Střediska nemají samostatnou právní subjektivitu a jsou řízena centrálně Ústředím Slezské diakonie, které se nachází v Českém Těšíně.

Pracovníci Ústředí organizace se zaměřují na následující oblasti:

• Oblast ekonomické agendy Slezské diakonie zajišťuje Úsek provozně – ekonomický, v jehož čele stojí náměstek Slezské diakonie – jeden ze tří statutárních zástupců organizace. Úsek koordinuje a zaštiťuje ekonomické záležitosti všech středisek i organizace jako celku.
• Personální agendu organizace řeší pracovnice Sekce personálního řízení Slezské diakonie.
• Propagace organizace – tzn. vytváření nových letáků o jednotlivých střediscích nebo o celé organizaci či o různých akcích, vydávání časopisu Informátor, výroční zprávy, výroba propagačních tabulí a nástěnek a pod. – je v kompetenci Sekce personálního řízení.
• Útvar náměstka pro sociální práci zajišťuje řízení, koordinaci a metodické vedení všech středisek Slezské diakonie. Nedílnou součástí práce zaměstnanců tohoto útvaru je zejména práce na standardech kvality sociálních služeb.
• Pracovníci Oddělení duchovní péče, které vzniklo ve Slezské diakonii na počátku roku 2000, připravují v jednotlivých střediscích biblické hodiny a další programy s křesťanskou tématikou pro zájemce z řad klientů i pracovníků.
• Správa informačních systémů v sobě zahrnuje nejen prezentaci organizace na veřejnosti formou webových stránek Slezské diakonie, ale i péči o funkčnost počítačové sítě ve všech střediscích, funkčnost telekomunikační sítě a pod.
• Pracovníci z Sekce zahraničních vztahů se starají o udržování vztahů se zahraničními partnery Slezské diakonie. Udržování vztahů se děje jednak formou korespondence a jednak prostřednictvím osobních setkání při vzájemných návštěvách či při účasti na různých konferencích.
• Další oblastí práce Ústředí je rovněž Sekce sekretariátu ředitele, pod kterou spadá i správa budov.

• Důležitou součást Ústředí Slezské diakonie tvoří pracovníci Sekce projekty a racionalizace řízení, zabývající se koordinací tvorby projektů, jakož i samotným psaním projektů. Projekty, které jsou ve svém výsledku úspěšné, mají nesporný vliv na neustálý rozvoj organizace. V rámci racionalizace jsou zpracovávány jednotlivé interní předpisy organizace nezbytné pro zajištění jednotného stylu řízení a dodržování legislativy.

Ústředí Slezské diakonie je situováno na dvou místech. Prvním z nich je tzv. „Ústředí A“ (zároveň i sídlo Ústředí Slezské církve evangelické a.v.). Druhým místem je tzv. „Ústředí B“, což je budova, která se v roce 2002 stala majetkem Slezské diakonie.